Správna voľba CMS pre online obchod závisí od rýchlosti načítania stránky, jej funkčnosti a výkonu stránky ako celku. Náklady na vývoj zdroja závisia aj od výberu motora.
Medzi bezplatné programy CMS, ktoré je možné použiť na vytvorenie internetového obchodu, patria Joomla, OpenCMS, Drupal, WordPress a ďalšie. Najvýhodnejším bezplatným nástrojom pre online obchod je Joomla. Je to zložitejšie ako WordPress, ale umožňuje vám to výrazne rozšíriť možnosti vývojárov. Pre tento CMS bolo napísaných veľa ďalších modulov, vrátane online obchodu. To vám umožní vytvárať najkomplexnejšie stránky založené na Joomle. Okrem toho poskytuje tento motor v porovnaní so svojimi náprotivkami veľké príležitosti pre návrhové experimenty. Pokiaľ ide o WordPress, nie je to najlepšia voľba pre budovanie online obchodov. Napriek veľkej popularite je program vhodnejší na vytváranie malých informačných webov a blogov. Drupal je ďalší dobrý CMS, ale tiež nie príliš vhodný na vytvorenie online obchodu na jeho základe. Je to zložitejšie ako WordPress a je vhodnejšie na vývoj fór, blogov pre viacerých používateľov, encyklopédií a komunitných webov. V prípade Drupalu, aby ste získali web, ktorý spĺňa všetky technické požiadavky, budete musieť starostlivo a dlho budovať štruktúru budúceho projektu. Ak si vyberiete bezplatný CMS, mali by ste vedieť, že nikto vám neposkytne záruky úspešného fungovania stránky na tomto serveri. Niekedy tiež možno pozorovať zlyhania v prípade vysokej premávky na mieste a platené systémy sa vyvíjajú oveľa rýchlejším tempom. Medzi platenými univerzálnymi motormi používanými na vývoj online obchodov sú najžiadanejšie 1C-Bitrix a UMI. CMS. 1C-Bitrix je používaný mnohými veľkými spoločnosťami pri vývoji webových stránok. Ak chcete vytvoriť online obchod, môžete si kúpiť jednu z 3 vydaní: „Business“, „Small Business“alebo „Business Web Cluster“. Priorita tejto alebo tej konfigurácie závisí od toho, aké úlohy by mala stránka vyriešiť. Druhým najpopulárnejším použitím je UMI. CMS. Tento program poskytuje správcovi obsahu a vývojárom stránok veľké pohodlie, umožňuje ich integráciu, ale svojou funkčnosťou je o niečo horší ako CMS 1C-Bitrix. Ak chcete vytvoriť online obchod, je lepšie zakúpiť si verziu „Shop“alebo „Commerce“. Okrem univerzálneho CMS existujú systémy špeciálne navrhnuté pre internetové obchody. Jedným z nich je Shop-Script. Má niekoľko dizajnových šablón, veľkú sadu funkcií, ktoré sú potrebné v internetovom obchode. Niektoré online obchody sa dajú ľahšie prenajať: podobný zdroj si môžete kúpiť na stanovené obdobie, po uplynutí ktorého môžete licenciu obnoviť alebo neobnoviť. Medzi takéto hotové riešenia patria online obchody od spoločností Storeland a Insales. Vďaka tejto možnosti ušetríte na podmienkach a nákladoch na vývoj webových stránok. Takéto programy majú spravidla demo verziu, vďaka ktorej môžete vyhodnotiť funkčnosť CMS, o ktorý sa zaujímate.